בפרק ד' ליונה הנביא רע מאוד. רע לו שאנשי נינוה שבו בתשובה וששליחותו צלחה. הוא מתפלל אל ה' ואומר לו: "הֲלוֹא זֶה דְבָרִי עַד הֱיוֹתִי עַל אַדְמָתִי עַל כֵּן קִדַּמְתִּי לִבְרֹחַ תַּרְשִׁישָׁה כִּי יָדַעְתִּי כִּי אַתָּה אֵל חַנּוּן וְרַחוּם אֶרֶךְ אַפַּיִם וְרַב חֶסֶד וְנִחָם עַל הָרָעָה" (יונה ד', ב). מילה אחת חסרה באמירתו של יונה, והיא: "ואמת" ("ארך אפים ורב חסד ואמת"). יונה הוא מנביאי האמת והצדק, אך אין הוא רואה את מידת האמת בהנהגתו של אלוהים, הוא אינו מבין מדוע אלוהים היה מוכן לקבל את תשובתם של אנשי נינוה? ואמנם, במסורות חכמים מצאנו שאנשי נינוה עשו תשובה של רמיה: יש אומרים שהם שבו מהחמס שהיה בידיהם ממש, אבל גזל שהיה במגרות ובארונות הם לא השיבו. ויש אומרים את ההפך - שאנשי נינוה הקצינו בתשובתם עד כדי כך, שאם אדם היה גוזל מחברו קורה ושיקע אותה בבנין, מה שעל פי ההלכה אינו מחייב את הגנב להרוס את הבנין בשביל אותה קורה (משום "תקנת השבים"), בכל זאת - אנשי נינוה היו הורסים בתים, מקעקעין את בירתן ומחזירים את הקורות לבעליהן. ועוד, האדם והבהמה לא אכלו ולא שתו כחלק מתהליך התשובה שלהם, הם אינם מבדילים בין אדם לבעל חיים. יונה רואה את תשובתם וחש שאינה אמיתית, הוא רואה בה איזו תשובה של קריקטורה, לא תשובה של חיים.
לכאורה יש צדק בטענתו של יונה, אלא שאנו זוכרים את יונה עוד מספר מלכים, בהקשר תיאור פעלו של ירבעם בן יואש מלך ישראל: "הוּא הֵשִׁיב אֶת גְּבוּל יִשְׂרָאֵל מִלְּבוֹא חֲמָת עַד יָם הָעֲרָבָה, כִּדְבַר ה' אֱלֹוהֵי יִשְׂרָאֵל אֲשֶׁר דִּבֶּר בְּיַד עַבְדּוֹ יוֹנָה בֶן אֲמִתַּי הַנָּבִיא אֲשֶׁר מִגַּת הַחֵפֶר" (מלכים ב' י"ד, כה). יוצא לפי זה, שיונה הנביא היה הנביא של "ארץ ישראל השלימה", הוא הנביא שמנבא שאלוהים ישיב את גבול ישראל לגבולות המלאים. אך האם לישראל היו באותה שעה זכויות שעל פיהם הקב"ה נתן להם ארץ כה רחבה? לא. וכך ממשיך הכתוב (שם, כו): "כִּי רָאָה ה' אֶת עֳנִי יִשְׂרָאֵל מֹרֶה מְאֹד, וְאֶפֶס עָצוּר וְאֶפֶס עָזוּב וְאֵין עֹזֵר לְיִשְׂרָאֵל". הרד"ק אומר במקום: "לא בשביל תשובה שעשו, אלא שריחם עליהם כי ראה עניים". אם כן, הקב"ה ריחם על ישראל על אף שמלכם - ירבעם השני - לא סר מכל חטאת ירבעם בן נבט. ואילו שם - יונה לא אומר דבר, הוא אינו מתלונן על כך שמידת האמת לא הופיעה.
הוא שאמרנו בתחילת ביאורנו לספר, יונה הוא נביא בעל תודעה לאומית אך אינו בעל תודעה אוניברסלית. העולם אינו מעניין אותו, אין לו חפץ ביקרם של אנשי נינוה. הקב"ה מצווה אותו בתחילת הספר ללכת אל נינוה ולקרוא אליה שתשוב בתשובה - ביחס של חיבה ואהבה ובמטרה להשיב את אנשיה בתשובה, ואילו יונה בהגיעו אל נינוה, אומר בקור רוח ובתמצית: "עוד ארבעים יום ונינוה נהפכת!" (יונה ג', ד).
אלוהים מחנך את יונה לצאת מתוך הלאומיות הצרה שלו. אני אלוהי העולם, אומר לו אלוהים, אני אלוהי הארץ והשמים, לא רק אלוהי ישראל. דרך אלוהי ישראל אני אלוהי כל שאר העמים. יונה למד את הלקח בדרך הקשה, בעזרת הקיקיון שאבד בן לילה. הוא הבין שמידת הרחמים של אלוהים חשובה לא פחות ממידת האמת. והספר מסתיים בשאלה: "וַיֹּאמֶר ה': אַתָּה חַסְתָּ עַל הַקִּיקָיוֹן אֲשֶׁר לֹא עָמַלְתָּ בּוֹ וְלֹא גִדַּלְתּוֹ שֶׁבִּן לַיְלָה הָיָה וּבִן לַיְלָה אָבָד, וַאֲנִי לֹא אָחוּס עַל נִינְוֵה הָעִיר הַגְּדוֹלָה אֲשֶׁר יֶשׁ בָּהּ הַרְבֵּה מִשְׁתֵּים עֶשְׂרֵה רִבּוֹ אָדָם אֲשֶׁר לֹא יָדַע בֵּין יְמִינוֹ לִשְׂמֹאלוֹ וּבְהֵמָה רַבָּה?" (יונה ד', י-יא). הקורא עלול לחשוב שיונה התבצר בעמדתו ולא השיב לשאלה, אך המדרש מספר לנו שיונה באותה שעה נפל על פניו, נכנע ואמר: "הנהג עולמך במידת הרחמים". וכך, כאשר אנו קוראים את ספר יונה בבית הכנסת בתפילת מנחה של יום הכיפורים, איננו מסיימים את הקריאה בפסוקים אלו, אלא חותמים בפסוקים של הנביא מיכה: "מִי אֵל כָּמוֹךָ נֹשֵׂא עָוֹן וְעֹבֵר עַל פֶּשַׁע לִשְׁאֵרִית נַחֲלָתוֹ לֹא הֶחֱזִיק לָעַד אַפּוֹ כִּי חָפֵץ חֶסֶד הוּא, יָשׁוּב יְרַחֲמֵנוּ יִכְבֹּשׁ עֲוֹנֹתֵינוּ וְתַשְׁלִיךְ בִּמְצֻלוֹת יָם כָּל חַטֹּאותָם. תִּתֵּן אֱמֶת לְיַעֲקֹב חֶסֶד לְאַבְרָהָם אֲשֶׁר נִשְׁבַּעְתָּ לַאֲבֹתֵינוּ מִימֵי קֶדֶם" (מיכה ז', יח-כ). אלוהים, אם כן, הוא אלוהי האמת ואלוהי החסד גם יחד.