מבקש אני לצאת מן הפשט אל מחוזות הדרש, הרמז והסוד. רבינו הגאון מוילנא פרש את ספר יונה כמשל להפלגתה של הנשמה בים החיים. יונה משול לנשמה, והספינה - לגוף.
בפרק א', מתואר האדם כנמצא בעולם הזה, בארץ מוצקה, הוא בטוח שזו התכלית שלו. אך יש דברים שמושכים אותו ל"תרשיש", לארץ האוצרות הקדמונית. הנשמה מתפתה אחרי נהיית הגוף, והיא מטה את אוניית גופה אחר יפו, אחר היופי. יש איזשהו שקר בהליכה עיוורת אחר האסתטיקה לבדה. הנשמה מגדילה לעשות ואף משלמת את שכר כל הגוף, כפי שיונה משלם את שכר כל הספינה. וכאשר הם יוצאים, אלוהים מייסר אותם. באה רוח סערה ומכה במפרשים, מנסה להטות את הספינה אל התוואי הראשוני שהוכן לה. אלוהים רומז ליונה: לא זה הדרך ולא זה העיר. מידת הדין תוקפת את האדם והאוניה חישבה להשבר. כל האברים - אלו אנשי האוניה - פונים אל הכסף והזהב שעד כה סגדו להם ובמבחן האמת לא סייעו להם (שהרי בשעת מותו של אדם לא מלווים אותו לא אבנים טובות ולא מרגליות אלא רק הונו הרוחני), והם משליכים אותם אל הים. אך כל מעשיהם לא מועילים והסערה ממשיכה. יונה נרדם בירכתי הספינה, הנשמה שוקעת בתרדמת של טרום המוות, אך גופו עדיין מבקש לחיות. רב החובל, הלא הוא הלב, עדיין פועם ומבקש לעורר את הנשמה שתעשה חשבון נפש. האברים מטילים ביניהם גורל - מי אשם בכל המצב? והגורל מעלה אשם אחד - הנשמה, היא מעלה בתפקידה והפכה ממובילה למובלת כשהלכה אחר תאוות הגוף. הנשמה בייאושה אומרת לאברים: "שאוני והטילוני אל הים".
בשלב זה (פרק ב') האדם מת. כאן, הגאון מוילנא לוקח אותנו אל מחוזות נסתרים של כף הקלע, ייסורי הגיהנם במעי הדגה ולבסוף גלגול הנשמה בחזרה לעולם, וכאן אנו מגיעים לפרק ג'. בפרק זה, הנשמה כבר מורקה מזוהמת חטאיה לאחר שחוותה את ייסורי הגיהנם, ועתה היא ממלאת את תפקידה טוב יותר. אנשי העולם נראים לעיניה כשהם שקועים בהבליהם ובחטאיהם, והיא ממוקדת במשימתה ואינה מתבלבלת. היא הולכת "מַהֲלַךְ שְׁלֹשֶׁת יָמִים" (יונה ג', ג) - רואה שהבריות עובדים את אלוהים רק שלושה ימים בשנה: בשני ימי ראש השנה וביום הכיפורים. היא אומרת לעצמה: אם כך, אעורר אותם לכל שאר הימים. והיא מכרזת ואומרת: "עוֹד אַרְבָּעִים יוֹם וְנִינְוֵה נֶהְפָּכֶת!" (שם, ד). אלו הם ארבעים ימי הסליחות שמראש חודש אלול ועד יום הכיפורים. אנשי נינוה חשים בצדקת דבריה ונשמעים לנשמה, הם מקדישים את עצמם לצום ותענית מקטנם ועד גדולם, לבושים שק ואפר, מתחטאים לפני הבורא, זונחים את כל מעשיהם עד כי הם סרים מרע ועושים טוב. אחר עשותם את כל אלה, אלוהים מקבל את תשובתם: "וַיִּנָּחֶם הָאֱלֹהִים עַל הָרָעָה אֲשֶׁר דִּבֶּר לַעֲשׂוֹת לָהֶם וְלֹא עָשָׂה" (שם, י).
בפרק ד', הנשמה חשה שהיא נמצאת בתחרות עם הגוף. היא מקנאה בגוף (באנשי נינוה) ומבקשת להיות עליונה עליו. אלוהים מלמדה שיעור על חשיבות הגוף ואומר לה: "הַהֵיטֵב חָרָה לְךָ עַל הַקִּיקָיוֹן?" (שם ד', ט). וכי לא אחוס על הגוף שהוא מעשי ידי? "וַאֲנִי לֹא אָחוּס עַל נִינְוֵה הָעִיר הַגְּדוֹלָה?" (שם, יא) הגוף צריך לקבל את מקומו כפי שהנשמה מקבלת את מקומה. וכפי שאמר הרמב"ם, אלוהים לא שונא את הגוף שהרי הוא בראו, אלא האיזון שבין הגוף לנשמה צריך להשמר.
אם כן, בסופו של דבר, הסיפור של יונה והספינה הוא סיפור האיזון בין הנשמה לבין הגוף, שחלילה לא יחטיאו אלו את אלו.