בתוך ייחוסי הכהנים והלויים שבפרק ט', מופיע הפסוק הבא: "וּפִינְחָס בֶּן אֶלְעָזָר נָגִיד הָיָה עֲלֵיהֶם לְפָנִים ה' עִמּו" (דברי הימים א ט', כ). מיהו אותו פנחס בן אלעזר? יש מפרשים שאומרים שלא מדובר כאן בפנחס בן אלעזר בן אהרן הכהן המופיע בתורה – שהרי הוא היה כהן ולא לוי, אך רוב המפרשים אומרים שמדובר באותו אדם. למעשה, יש כמה אפשרויות לפסק את הפסוק המיוחד הזה. יש שגורסים: "וּפִינְחָס בֶּן אֶלְעָזָר נָגִיד הָיָה עֲלֵיהֶם לְפָנִים [לשעבר], ה' עִמּו", דהיינו: מיום שהוקם המשכן היה פנחס הממונה עליהם, והמילים "ה' עימו" הן כמילות ברכה הנאמרות באזכור צדיק, כ"זכר צדיק לברכה". אך יש שגורסים: "וּפִינְחָס בֶּן אֶלְעָזָר - נָגִיד הָיָה עֲלֵיהֶם, לְפָנִים ה' עִמּו", דהיינו: רק בעבר היה ה' עימו (כשהיה נביא), אך היום כבר לא. יש כאן ביקורת סמויה כלפי פנחס, וזאת למה? לפי המדרש, פנחס חי גם בדורו של יפתח הגלעדי. יפתח נדר שמי שיצא מפתח ביתו בשובו מן הקרב יעלה אותו עולה לה'. בסופו של דבר ביתו של יפתח היא שיצאה לקראתו בשובו הביתה והוא נקלע לבעיה חמורה. הוא יכול היה להתיר את נדרו אם היה הולך לפנחס שהיה גדול הדור בימיו, אך הם לא נפגשו מפני שכל אחד מהם התבצר בגאוותו ושמר על כבודו. פנחס אמר: אני כהן גדול, מיוחס, לי ראוי ללכת ליפתח שהוא איש ריק ופוחז? ויפתח אמר: אני מלך וגיבור צבא, לי ראוי ללכת לכהן? ומתוך שניהם –אבדה ילדתו של יפתח. הקב"ה לא יכול להשרות את שכינתו אצל פנחס אחרי מעשה כזה, ולכך הכתוב כאן מציין ש"לְפָנִים ה' עִמּו" - מתוך שלוש מאות שנות חייו רק במאה שנותיו הראשונות זכה לנבואה.
פרשנות נוספת לפסוק מובאת ברד"ק שאומר שהביטוי "ה' עִמּו" פירושו עשיית צדק בארץ. לפיכך, "לְפָנִים ה' עִמּו" פירושו שבעבר היה כח לפנחס לעשות צדק ולמחות במעשה עוולה (כפי שעשה במעשה זמרי בן סלוא שחטא עם בת מדין), ואילו בהמשך חייו – במעשה פילגש בגבעה – סר כוחו של פנחס וקול מחאתו לא נשמע לא לאחר המעשה עצמו ולא לאחר שמתו אלפים מבני שבט בנימין.
כאמור, יש אומרים שמדובר בפנחס הלוי ולא בפנחס הכהן, והם מפרשים את הפסוק כך: "וּפִינְחָס בֶּן אֶלְעָזָר נָגִיד הָיָה, עֲלֵיהֶם לְפָנִים ה' עִמּו" – פנחס בן אלעזר היה מנהיג בימיהם, ובעבר היה לישראל פנחס בן אלעזר אחר שהיה כהן. בין כך ובין כך, יש מה ללמוד מאותו פנחס – שיש לפעול בצדק ובמישור כדי שרוח ה' תתמיד לפעם באדם.