פרק ח' הסתיים בכך שדתי המלך נמסרו לאחשדרפנים ולפחוות עבר הנהר והם מצידם חלקו כבוד ונישאו את העם ואת בית האלוהים. עלייה זו של עזרא, אם כן, הרבה כבוד והדר יש בה. לאחר כל זאת, מתחיל פרק ט' במילים: "וּכְכַלּוֹת אֵלֶּה" (עזרא ט', א) – כרוצות לומר: ההצגה נגמרה וכעת נוחתים אל קרקע המציאות. וכך, הכתוב מתאר לנו את הפער העצום בין שאיפותיו הגבוהות של עזרא לבין מצבו האמיתי של העם: "וּכְכַלּוֹת אֵלֶּה נִגְּשׁוּ אֵלַי הַשָּׂרִים לֵאמֹר: לֹא נִבְדְּלוּ הָעָם יִשְׂרָאֵל וְהַכֹּהֲנִים וְהַלְוִיִּם מֵעַמֵּי הָאֲרָצוֹת כְּתוֹעֲבֹתֵיהֶם לַכְּנַעֲנִי הַחִתִּי הַפְּרִזִּי הַיְבוּסִי הָעַמֹּנִי הַמֹּאָבִי הַמִּצְרִי וְהָאֱמֹרִי" (שם). על חלק מעמים אלו נאמר שלא יבואו בקהל ה', וחלק מהם הם עמים שנצטוו ישראל למגרם בימי יהושע בן נון. המכנה המשותף לכולם הוא שהם נוהגים כאותן תועבות שבעת העממים שהיו בימי יהושע בן נון בארץ ישראל. מדין תורה, אין איסור להתחתן עם שאר עמים שלא נזכרו בתורה (כך היא דעת הטור ואחרים). בא עזרא והרחיב את האיסור לכל אומה שהיא. אמרו חכמים שעזרא עשה זאת על ידי שדרש בתורת ה' על דרך "בניין אב"; הוא שם על לב שבכל מקום שהתורה אוסרת את החיתון עם העמים הללו, היא מוסיפה טעם לדבר ואומרת: "פן ילמדו מתועבותיהם", או: "כי יסיר את בנך מאחריי", כלומר – החשש העיקרי הוא מחינוך פסול שיגרום להטייה אחר דרכו של בן הזוג ומסורתו. הגמרא (קידושין) שואלת: ומניין לומדים שאף שאר האומות אסורות לבוא בקהל? והיא משיבה שנאמר "כי יסיר את בנך מאחריי" - ודורשת: "לרבות כל המסירין".
עזרא מתעורר בפרקנו למציאות קשה שבה המעל הזה לא שרר רק בדלת העם אלא אדרבה – יד השרים והסגנים היתה בו בראשונה. לכך, לשמע הבשורה הזאת הוא מעורר את העם לדבר על ידי שהוא מזעזע אותם – הוא קורע את בגדיו, מורט משיער ראשו וזקנו ויושב משומם. כולם מביטים במנהיג הגדול שבא עם רוח גדולה, גדולה וכבוד, והנה הוא יושב לפניהם אבל וחפוי ראש. לאחר מכן, עזרא מתפלל לה'. אם בפרק ח' עזרא צם ומתפלל בדרכו לירושלים שה' ישמור עליהם בדרך מפני המזיקים, בפרק ט' עזרא מתפלל על מצב העם. הוא עומד בתפילה מול אלוהים כמנהיג בעל אחריות ומתפלל על הדרך שלהם – שידעו לשוב נכונה למצב הנכון להם, המצב שישמור על הרוח הלאומית הנכונה לישראל שבאותה תקופה.