פרק ג' מתאר תפילה של הנביא חבקוק. לא כל הפרשנים תמימי דעים בנוגע להקשר שבין פרק זה לבין הפרקים שקדמו לו, אך על פי באורנו לפרקים א' וב' נוכל לראות קשר ישיר ביניהם. בפרק א' שאל הנביא חבקוק איך יתכן שהרשע מצליח בעולם, ובפרק ב' אלוהים ענה לו שהוא אלוהי ההיסטוריה ושיש להתאזר בסבלנות עד שיושלמו כל התהליכים במהלך ההיסטוריה. בפרק ג' אם כן מגיע שלב ההכרה בטעות על ידי הנביא וההפנמה של הדברים: "תְּפִלָּה לַחֲבַקּוּק הַנָּבִיא עַל שִׁגְיֹנוֹת" (חבקוק ג', א) - על טעויות. חכמים אומרים שהיו ארבעה שסידרו תפילה אחרי שקינטרו דברים כלפי מעלה, והם: ירמיהו, דוד, משה וחבקוק. על חבקוק אומר המדרש, שסידר את התפילה לאור דבריו הקודמים: "למה תראני עוול ועמל תביט" (שם א', ב), שלאחריהם נגלה אליו הקב"ה ואמר לו: אחרי אתה קורא תיגר? לא כך כתוב "אל אמונה ואין עוול"? ובאותה שעה אמר חבקוק: בשגגה אמרתי - "תפילה לחבקוק הנביא על שגיונות".
הבה נעיין בתפילתו של חבקוק: "ה', שָׁמַעְתִּי שִׁמְעֲךָ יָרֵאתִי ה' פָּעָלְךָ בְּקֶרֶב שָׁנִים חַיֵּיהוּ, בְּקֶרֶב שָׁנִים תּוֹדִיעַ, בְּרֹגֶז - רַחֵם תִּזְכּוֹר" (שם ג', ב). חבקוק שמע על הגלות הצפויה לעם ישראל והוא ירא מפניה, ולכן מבקש מהקב"ה שישמור על "פעלו" - על עמ"י, ובעת רוגז - יזכור את אהבתו ואת הברית שכרת עמם וירחם עליהם. וממשיך הנביא ואומר: "עָמַד וַיְמֹדֶד אֶרֶץ רָאָה וַיַּתֵּר גּוֹיִם וַיִּתְפֹּצְצוּ הַרְרֵי עַד שַׁחוּ גִּבְעוֹת עוֹלָם, הֲלִיכוֹת עוֹלָם לוֹ" (שם, ו). כאן הנביא מפנים את דברי ה' מפרק ב' ואומר שהנהגותיו של הקב"ה ("הליכות") הן נצחיות, הוא קורא הדורות מראש ומנהל את ההיסטוריה מתחילתה ועד סופה.