בפרק ג', פונה מיכה אל ראשי ישראל ומוכיחם: "וָאֹמַר שִׁמְעוּ נָא רָאשֵׁי יַעֲקֹב וּקְצִינֵי בֵּית יִשְׂרָאֵל" (מיכה ג', א). הוא פונה אל שלושה ראשים - השרים, הכהנים ונביאי השקר: "רָאשֶׁיהָ בְּשֹׁחַד יִשְׁפֹּטוּ, וְכֹהֲנֶיהָ בִּמְחִיר יוֹרוּ, וּנְבִיאֶיהָ בְּכֶסֶף יִקְסֹמוּ" (שם, יא). ושלושתם אומרים דבר אחד: "וְעַל ה' יִשָּׁעֵנוּ לֵאמֹר: הֲלוֹא ה' בְּקִרְבֵּנוּ, לֹא תָבוֹא עָלֵינוּ רָעָה" (שם). וכנגד שלושה ראשים אלו מבטיח הנביא שלוש פורענויות: "לָכֵן בִּגְלַלְכֶם צִיּוֹן שָׂדֶה תֵחָרֵשׁ וִירוּשָׁלִַם עִיִּין תִּהְיֶה וְהַר הַבַּיִת לְבָמוֹת יָעַר". ניתן לראות הקבלה בין השרים, הכהנים ונביאי השקר לבין הפורענות על ציון, הר הבית וירושלים. וכך אמרו גם חכמים: "שלוש פורענויות כנגד שלוש עבירות שבידם", ואני הקטן מוסיף: כנגד שלושה סוגי חוטאים.
השרים - כנגד ציון. ציון מסמלת עבורנו את חיי החומר, את "מפעל ההתיישבות", את החול. החול הזה, אומר הנביא, יבטל לגמרי ויהיה כשדה חרושה. ואכן, זה מה שקרה בגלות - העצמאות המדינית בטלה לגמרי, הגוף התפורר (כבחזון העצמות היבשות).
הנביאים - כנגד ירושלים. ירושלים היא הצד הרוחני הסגולי שלנו. הצד הרוחני הזה יהפוך להיות כמו "עיים", דהיינו: גלי אבנים. הצד הרוחני שלנו לא יתבטל לגמרי, אלא הוא יהיה בהרס, ללא מסוגלות לבנייה. ואמנם, מצבנו בגלות אכן היה כגלי אבנים, כשהיינו פזורים וחסרי סדר.
הכהנים - כנגד הר הבית. נקודת הקודש האחדותית הפנימית שלנו. הר הבית יהפוך ל"במות יער" - בלשון רבים. כל כת והקדושה שהיא מרכיבה לראשה, כל קבוצה ועבודת ה' שלה תהיה מנגדת לחברתה. הקדושה תהיה לעומתית. היער מסמל גם את עזיבת הקדושה את החיים הנורמליים אל מחוץ לעיר, שכביכול החיים והקדושה ייראו כמנוגדים זה לזה. הטבע והמוסר, החול והקודש יהיו זרים זה לזה. ואנו יודעים היטב שתורת הגלות מלאה בביטויים בהם משתמע שהקב"ה שונא את הגוף, או כפי שאומר בעל חובות הלבבות: "ככל שהגוף מוסיף בנין, תוסיף הנשמה חרבן". בגלות אין מקום להתעסק בגוף. זו נבואת הפורענות של מיכה, אך לעתיד לבוא לא יהיה כך, הרב קוק עסק בכך לא מעט באמרו שעלינו לזכור שיש לנו גוף קדוש לא פחות מאשר יש לנו רוח הקודש, ועלינו לתת גם לו את מקומו הראוי. בפרק הבא בע"ה, יאמר לנו מיכה מה עתיד להיות בהר ה', כיצד הקדושה לא תהיה מחוץ לעיר כיער אלא במרכזה, וכל השבילים יובילו אליה.