בפרק ב', הפְּנים של נחמיה משפיע על הפָּנים שלו. ליבו מלא בכאב על חרבנה של ירושלים. הוא מגיש יין למלך, ולאור מצבו הנפשי הוא לא מסוגל לעטות מסיכה על פניו ולעשות זאת בסבר פנים יפות. המלך רואה את פניו הרעים וחושש: היש בליבך משהו רע עליי? שמא אתה מנסה להרגני? נחמיה, ביראה גדולה, מגלה למלך את שעל ליבו: "וָאֹמַר לַמֶּלֶךְ: הַמֶּלֶךְ לְעוֹלָם יִחְיֶה! מַדּוּעַ לֹא יֵרְעוּ פָנַי? - אֲשֶׁר הָעִיר בֵּית קִבְרוֹת אֲבֹתַי חֲרֵבָה וּשְׁעָרֶיהָ אֻכְּלוּ בָאֵשׁ" (נחמיה ב', ג). מתוך דין ודברים, המלך נותן לנחמיה רשות לעלות לירושלים ולבנות את חומותיה, והוא מצרף בידו איגרות לפחוות עבר הנהר ואל אסף שומר הפרדס שיתן לו עצים עבור הבנייה.
נחמיה מגיע לירושלים ושוהה בה שלושה ימים. דבר זה מזכיר לנו את התבוננותו של עזרא בעם לאחר שלושה ימים במהלך עלייתו לארץ. וכאן, נחמיה מתבונן לאחר שלושה ימים בחומות ירושלים. הוא קם בלילה עם אנשים מעט איתו, ולא הגיד לאדם מה אלוהיו נותן אל ליבו לעשות לירושלים. אם בתחילת הפרק, הפנימיות של נחמיה הקרינה על פניו, כאן הוא שומר את הדבר בליבו ונוקט במעין מניפולציה: "וָאֵצְאָה בְשַׁעַר הַגַּיא לַיְלָה וְאֶל פְּנֵי עֵין הַתַּנִּין וְאֶל שַׁעַר הָאַשְׁפֹּת וָאֱהִי שֹׂבֵר בְּחוֹמֹת יְרוּשָׁלִַם אֲשֶׁר הֵם פְּרוּצִים וּשְׁעָרֶיהָ אֻכְּלוּ בָאֵשׁ" (שם, יג). נחמיה מתאר את עצמו כמי ש"שֹׂבֵר בְּחוֹמֹת יְרוּשָׁלִַם", שֹׂבֵר - מלשון ראייה והתבוננות. אך יש שפירשו שיש לקרוא שובר בשי"ן - מלשון שבירה והרס. רש"י למשל הבין שפעולתו של נחמיה כאן לשבירת החומות היתה בכוונה תחילה, וכך לשונו: "והם הלכו לשבור ולהפיל חומות העיר בלילה ולהרבות פרצותיה למען יהיו בני העיר למחר להוטים ומסכימים בעצה אחת עם נחמיה לבנות חומות העיר, וכן מוכיח המעשה בתוך הפרשה". כלומר, נחמיה מהרס בחומות העיר ולמחרת הוא מעמיד פני תם ואומר לעם: "אַתֶּם רֹאִים הָרָעָה אֲשֶׁר אֲנַחְנוּ בָהּ - אֲשֶׁר יְרוּשָׁלִַם חֲרֵבָה וּשְׁעָרֶיהָ נִצְּתוּ בָאֵשׁ. לְכוּ וְנִבְנֶה אֶת חוֹמַת יְרוּשָׁלִַם וְלֹא נִהְיֶה עוֹד חֶרְפָּה!" (שם, יז) כנראה, שרק כך הוא יכול היה לעורר את היהודיים מאדישותם למצב החומות והעיר. פעולה זו של נחמיה מזכירה לנו פעולה הלכתית אחרת המובאת במשנה (מגילה ג', ג). המשנה אומרת שיש קדושה לבתי כנסת גם כאשר הם חרבים ושוממים, שנאמר: "והשימותי את מקדשכם", ודרשו: "קדושתן אף כשהם שוממין". מצד שני, המשנה פוסקת הלכה אחרת: "עלו בו עשבים - לא יתלוש, מפני עגמת נפש". כלומר, אם מצאת בבית הכנסת הנטוש הזה עשבי בר וכדומה – אל תתלוש אותם, אלא הנח להם כמות שם. וזאת למה? "מפני עגמת נפש" - על מנת שהדבר יגרום לעגמת נפש לבאים ולשבים, "שיזכרו ימי בניינו ויתנו לב לבנותו אם יוכלו, או יבקשו עליו רחמים שיחזור" (שם). את הלב הזה רצה נחמיה לעורר באמצעות הריסת החומות, ובפרק ג' עוד נראה כי דרכו צלחה בדבר.
מי שמדייק בפסוק הנזכר קודם: "וָאֱהִי שֹׂבֵר בְּחוֹמֹת יְרוּשָׁלִַם אֲשֶׁר הֵם פְּרוּצִים" (נחמיה ב', יג) – יוכל לשים לב כי הכתיב של המילים "הם פרוצים" הוא במילה אחת: "המפרוצים", כאשר האות מ' של המילה "הם" אינה מ"מ סופית אלא מ' פתוחה, כרוצה לומר לנו ולהדגיש לנו – החומה עדיין פרוצה כמ"ם פתוחה. רבינו בחיי בר אשר מקזז את האות מ' הזו עם האות מ' הסתומה המופיעה בספר ישעיה באמצע מילה (ישעיה ט): "לםרבה המשרה ולשלום אין קץ", ודרשו חכמים שאות זו מרמזת על התנוצצות המלך המשיח. על כך אמר רבינו בחיי שהאות מ' של ספר ישעיה סתומה מפני שבזמן הגלות אין לנו משרה ומעלה ואין לנו הרבייה. על מנת שהאות מ' הזו תחזור להיות מ' פתוחה, עלינו לבצע החלפה בין שתי המ"מים. רוצה לומר: המ' הפתוחה של "חומות ירושלים אשר הם פרוצים" תהיה מ' סתומה ותסמל את בניית החומות הפרוצות, ואז המ' הפתוחה תעבור לפסוק "למרבה המשרה ולשלום אין קץ" ותסמל את ההגעה לימות המשיח. כלומר, כאשר נחמיה מתעסק בחומות ירושלים – אין הוא מתעסק רק בעבודת כפיים ובבנייה, אלא הוא מתעסק בהתנוצצות המשרה הגדולה של המלך המשיח שתכליתו לתקן עולם במלכות ש-די. מי שבונה את ירושלים ואת חומותיה כראוי, יודע שהוא עושה זאת כדי שירושלים תוכל בסופו של דבר להוציא את דברה לעולם – "כי מציון תצא תורה ודבר ה' מירושלים".