הספר מסתיים עם תזכורת על מנהיגותו של נחמיה. כבר נוכחנו לראות כי נחמיה הוא מנהיג בעל עמוד שדרה חזק שאינו אומר נואש ויודע לכלכל את צעדיו נכונה גם במצבים קשים. אם ספר עזרא הסתיים בערפל והשאיר אותנו בלי לדעת מה עלה בגורלן של הנשים הנוכריות של העולים, בספר נחמיה יש מסרים ברורים וחותכים לעם והתמונה העולה מן הכתובים צלולה וברורה יותר.
בפרק י"ג, כאשר נחמיה רואה ששלוש תקנותיו מתרופפות – הוא מיד מגיע ומחזק אותן. תחילה הוא מחזיק את בית האלוהים על ידי כך שהוא משיב את הלויים שברחו ממנו, ומצווה על כל איש יהודה להביא את מעשר הדגן התירוש והיצהר לאוצרות על מנת שיהיה קיום לבית האלוהים ולעבודתו. לאחר מכן, נחמיה רואה את חילול השבת המתקיים על ידי בני יהודה ואף בירושלים, והוא מוכיח קשות את מנהיגי יהודה על כך. הוא שולח מנעריו על מנת שיעמדו בשערי ירושלים וימנעו את כניסת משאות המסחר ביום השבת, וכאשר הסוחרים מנסים להערים עליו ולמכור מחוץ לחומות - הוא מאיים עליהם שישלח בהם יד והם נמנעים מלשוב ולעשות כן. הוא לא מסתפק בכך אלא מוסיף ודואג לשמירה על מהותה של השבת: "וָאֹמְרָה לַלְוִיִּם אֲשֶׁר יִהְיוּ מִטַּהֲרִים וּבָאִים שֹׁמְרִים הַשְּׁעָרִים לְקַדֵּשׁ אֶת יוֹם הַשַּׁבָּת" (נחמיה י"ג, כב) – אם הנערים שנשלחו קודם לכן אל השערים דאגו לשמירת השבת מבחינה "הלכתית", כאן הלויים מצווים לקדש את השבת, שהיא מלאכה עמוקה יותר. כדי להסביר ולחנך על עניין השבת – יש לראות ולהסביר תחילה את קדושתה; לא אנשי הלכה יעשו את המלאכה הזו, אלא אנשים העומדים על קדושתה ועמקותה של השבת. כמו כן, נחמיה רואה גם התבוללות קשה שפשתה בעם, עד שיש ילדים שאינם יודעים לדבר בשפה "יהודית". השפה היא חשובה ביותר ומגדירה את זהותו של האדם והחברה כולה, ולכך נחמיה נזעק ומוכיח את המתבוללים בדרך של קל וחומר משלמה המלך: "הֲלוֹא עַל אֵלֶּה חָטָא שְׁלֹמֹה מֶלֶךְ יִשְׂרָאֵל וּבַגּוֹיִם הָרַבִּים לֹא הָיָה מֶלֶךְ כָּמֹהוּ, וְאָהוּב לֵאלֹהָיו הָיָה, וַיִּתְּנֵהוּ אֱלֹהִים מֶלֶךְ עַל כָּל יִשְׂרָאֵל, גַּם אוֹתוֹ הֶחֱטִיאוּ הַנָּשִׁים הַנָּכְרִיּוֹת - וְלָכֶם הֲנִשְׁמַע לַעֲשֹׂת אֵת כָּל הָרָעָה הַגְּדוֹלָה הַזֹּאת לִמְעֹל בֵּאלֹהֵינוּ לְהֹשִׁיב נָשִׁים נָכְרִיּוֹת?" (שם, כו-כז).
ספר נחמיה מסתיים בפסוקים הבאים: "וְטִהַרְתִּים מִכָּל נֵכָר וָאַעֲמִידָה מִשְׁמָרוֹת לַכֹּהֲנִים וְלַלְוִיִּם אִישׁ בִּמְלַאכְתּוֹ, וּלְקֻרְבַּן הָעֵצִים בְּעִתִּים מְזֻמָּנוֹת וְלַבִּכּוּרִים זָכְרָה לִּי אֱלֹהַי לְטוֹבָה" (שם, ל-לא). נחמיה מבקש כמה וכמה פעמים מאלוהיו שיזכור אותו על מעשיו ועל פעולותיו למען עם ישראל, אך הוא לא מבקש זאת על עניין בניית החומה. זאת משום שבניית החומה לא היתה של נחמיה לבדו אלא של העם כולו, ולכן הקרדיט ניתן לכל הבונים בשווה. אפשר לומר כי ירושלים וליבה הן כל הסיפור של נחמיה אשר בשונה מעזרא, לא הסתפק בדיבורים אלא הפשיל שרוולים ועשה את המלאכה המעשית הקשה למען בנייתה של ירושלים ועיצוב דרכם של אנשיה בדור התחייה של אותם הימים.