ספר עזרא הסתיים לו בחוסר בהירות. עזרא בכה, התפלל וביקש לתקן את ההתבוללות שפשתה בעם – אך הכתוב לא מגלה לנו בפירוש האם העם נבדל מנשותיו אם לאו. עתה, מגיע לזירה נחמיה - המנהיג המעשי.
מה בין עזרא לנחמיה? על עזרא נאמר: "כי עזרא הכין לבבו לדרוש את תורת ה' ולעשות וללמד בישראל חוק ומשפט" (עזרא ז', י). עזרא הוא מנהיג רוחני ופחות מעשי מנחמיה. כך למשל, כאשר עזרא רואה את המצב הרע של העם – הוא מורט את שיער ראשו, ולעומתו - נחמיה מורט את שיערם של אחרים שלא הולכים בדרך שאותה הוא מתווה. כמו כן, עזרא הוא איש ספר, איש של המילה הכתובה ושהכתב השתנה על ידו. לעומתו, נחמיה הוא איש של האבנים והחומות, של החברה ושל הבנייה. הקודמים לנחמיה התעניינו במקדש והסתפקו בהיותו עומד על כנו – הם הקריבו קרבנות ושמחו במצב ה"דתי", אך הם לא בנו את חומות העיר ושעריה, לא הביטו בתיקון השווקים. את זאת בא נחמיה לתקן. נחמיה הוא מסדר ההתיישבות, וכך אמרו חכמים במדרש (סדר עולם): "י"ב שנה עשה בארץ ישראל, מתקן בחומה ומושיב את ישראל איש בעירו ואיש באחוזתו". הוא מתקן את העם ואת הערים גם יחד. וזאת אנו מוצאים כבר בפרק א' של הספר, כאשר נחמיה פוגש את אנשי יהודה ושואל על שני עניינים אלו: "וָאֶשְׁאָלֵם עַל הַיְּהוּדִים הַפְּלֵיטָה אֲשֶׁר נִשְׁאֲרוּ מִן הַשֶּׁבִי, וְעַל יְרוּשָׁלִָם" (נחמיה א', ב).
דבר נוסף הבולט אצל עזרא הוא ייחוסו עד לאהרן הכהן, מה שאין כן אצל נחמיה (על אף שמצאנו בפרשנותו של רבי ישעיה די טראני שנחמיה היה אף הוא מזרע אהרן). חכמים בגמרא זיהו את נחמיה עם התרשתא – זה שעסק בבירור היוחסין. דעה אחרת בתלמוד אומרת כי נחמיה הוא זרובבל בן שאלתיאל מזרע מלכי יהודה. דעה זו נדחתה על ידי הפרשנים, אך אפשר לומר בדרך דרש ששמו של זרובבל נשתנה לנחמיה מפני שמטרתו שונתה; כאשר היה בבבל מטרתו היתה לזרות את בבל – לזרוק ולהשיל את הגלותיות ואת הזהות הבבלית מעליו, וכאשר הגיע לארץ ישראל הוא עוסק בנחמה ובנייה. אפשר גם לומר שמעשיו של נחמיה הם הם ייחוסו, הוא אינו זקוק להתהדר בנוצות של אלה שקדמו לו – הוא מעשי ומועיל עד שהוא אינו עסוק כלל בשאלת ייחוסו. חכמים במדרש דרשו את שמו של נחמיה וראו בו בקשה לניחומים (נחם י-ה), וכן "בן חכליה" – מלשון: חכה י-ה (במה שעלול לסמל השתהות ופסיביות). אלא, שנחמיה אינו פועל בפסיביות, וכאשר בא חנני ומספר לו על מצב ירושלים והעם, נחמיה מחליט (אמנם בסבלנות רבה והתכוננות נפשית -) לצאת ולפעול למען ירושלים. הוא יהיה המנחם של ירושלים בעזרת י-ה, והוא יהיה זה שיתן תקווה לכל המחכים לבניינה.