בחלק השני של פרקנו, החל מפסוק ט"ז, הנביא מנבא בשם ה' לישראל ומתאר את טומאתם ואת טהרתם העתידית ביד ה': "ויהי דבר ה' אלי לאמר: בן אדם, בית ישראל יושבים על אדמתם, ויטמאו אותה בדרכם ובעלילותם. כטומאת הנידה היתה דרכם לפני" (יחזקאל ל"ו, יז). רוצה לומר: סוג הטומאה של עם ישראל בארץ ישראל הוא כטומאת הנידה. כאשר חכמים דרשו את הפסוק הזה, הם ראו בדברים הנאמרים בו פן חיובי. וכך נאמר במדרש תנחומא: "מה נידה זו מטמאה ומטהרה (נטמאת ונטהרת), כך עתיד הקב"ה לטהר את ישראל, שנאמר: וזרקתי עליכם מים טהורים וטהרתם (יחזקאל ל"ו, כה)". כשם שטומאת הנידה איננה טומאה תמידית אלא טומאה הבאה במחזור, בזמן מסויים, כך עם ישראל אמנם נטמא לעיתים - אך הטומאה הזו איננה עצמית לו, אלא היא מקרית עבורו. עוד אומר המדרש: "דבר אחר: "כטומאת הנידה" - ולא כטומאת המת". יש הבדל משמעותי בין טומאת נידה לבין טומאת מת. בפשטות, טומאת הנידה היא טומאת מחזור של חיים - לעת עתה החיים עזבו את האשה ולכן היא נטמאת, ותוך זמן קצר היא טובלת לטהרתה ושבה אל מעגל החיים שנית. לעומת זאת, המוות הוא הפסקת החיים, וטומאתו היא קבועה. ומבאר המדרש: "מת בבית - אין כהן גדול נכנס לשם" - כשיש טומאת מת, כל כהן לא יכול להכנס לבית, בין כהן הדיוט בין כהן גדול, וכאן הביטוי "כהן גדול" מתייחס לריבונו של עולם שכביכול מדיר רגליו מאותו בית. ממשיך המדרש: "אבל נידה - נכנס עימה בבית (אפילו כהן גדול), ויושב עמה על האצטבא, ובלבד שלא תהא מנדנדת (העיקר שהספספל יהיה יציב). כך, אילו נמשלו ישראל לטומאת מת, אתה אומר (אתה עלול לומר): אין השכינה חוזרת עליהם לעולם. אבל בנידה - כשם שהכהן עימה בבית ואינו חושש, כך השכינה שורה על ישראל אף על פי שהם טמאים, שנאמר: השוכן איתם בתוך טומאותם (ויקרא ט"ז, טז)". כלומר, גם כאשר עמ"י חוטא לפני ה', המרחק ביניהם לבין ה' הוא כמרחק האשה הנדה מבעלה, מרחק זמני ומצומצם.
פסוק נוסף המופיע בפרקנו נדרש אף הוא לטובה על ידי חז"ל: "וזרקתי עליכם מים טהורים - וטהרתם" (יחזקאל ל"ו, כה). המשנה בסוף מסכת יומא (פרק ח', משנה ט) דורשת: "אמר רבי עקיבא: אשריכם ישראל, לפני מי אתם מטהרין? ומי מטהר אתכם? אביכם שבשמים, שנאמר: "וזרקתי עליכם מים טהורים וטהרתם" ואומר: "מקוה ישראל ה' (ירמיהו י"ז, יג)" - מה מקוה מטהר את הטמאים, אף הקב"ה מטהר את ישראל". שני הפסוקים שהביא רבי עקיבא באו ללמדנו דבר חשוב, על פי הסברו של בעל התוספות יום טוב: כלל נקוט בידינו שאדם מישראל שבא לטהר, מסייעין בידו. בכך עוסק הפסוק השני וזה ביאורו. לעומת זאת, הפסוק הראשון בא לחדש שאדם מישראל שאינו עושה שום צעד לקראת טהרתו, אף עליו משפיע הקב"ה שפע טהרה ומטהר אותו. הבה נראה כיצד דרשתו של רבי עקיבא אכן תואמת לשני הפסוקים הללו לפי הסבר זה: הפסוקים בפרקנו מתארים מצב מוסרי ירוד של עם ישראל שאינם חפצים כלל בטהרתם, אלא אדרבה - מרבים לחטוא לפני ה' ומחללים את שם קדשו. ולמרות כל זאת, אומר הקב"ה לעמו: "וזרקתי עליכם מים טהורים וטהרתם מכל טמאותיכם ומכל גלוליכם אטהר אתכם" (יחזקאל ל"ו, כה). הפסוק השני אותו דורש רבי עקיבא מספר ירמיהו ממשיל את הקב"ה למקוה. מקוה אינו בא אל האדם לטהר אותו, אלא האדם בא מיוזמתו אל המקווה על מנת שיטהר אותו. וכך הקב"ה מטהר את השבים אליו.
יש מהמפרשים שמסבירים את דברי רבי עקיבא יתר על מה שאמר רבי אלעזר בן עזריה באותה משנה. בתחילת המשנה בה אנו עוסקים במסכת יומא, דרש רבי אלעזר בן עזריה את הפסוק המדבר על יום הכיפורים: "את זו דרש רבי אלעזר בן עזריה: "מכל חטאותיכם לפני ה' תטהרו" (ויקרא טז, ל) - עבירות שבין אדם למקום, יום הכיפורים מכפר. עבירות שבין אדם לחבירו - אין יום הכיפורים מכפר עד שירצה את חבירו". לאחר דרשה זו, בא רבי עקיבא (לפי חלק מהמפרשים), חולק על רבי אלעזר בן עזריה וכביכול אומר: אדם שלא הצליח לרצות את חברו - מפני שחברו לא הסכים למחול לו לאחר שלוש פעמים שביקש ממנו מחילה, או שאינו זוכר במי פגע וכדומה - במקרים כגון אלו הקב"ה בעצמו מטהר את אותו אדם ומכניסו למקוה בין אם התעורר לכך בין אם לאו, והוא מטהר אותו גם בחלק של בין אדם לחבירו.